国家高新技术企业认定专项审计，是指注册会计师接受拟向有关部门申请进行高新技术企业认定的申报企业委托，对其近三个会计年度(实际经营不满三年的按实际经营年限)的研究开发费用结构明细表和近一个会计年度的高新技术产品(服务)收入明细表进行审计，并出具专项审计报告。
根据《高新技术企业认定管理办法》，《高新技术企业认定管理工作指引》等对高新企业认定财务专项审计事务所制定相关标准和条件。
(1)具备独立执业资格，成立3年以上，近3年内无不良记录;
(2)承担认定工作当年的注册会计师人数占职工全年月平均人数的比例不低于30%，全年月平均职工人数在20人以上;
(3)熟悉高新技术企业认定工作的相关政策。
(4)接受企业委托，依据《认定办法》和《工作指引》客观公正地对企业的研究开发费用和高新技术产品(服务)收入进行专项审计，出具审计报告。
(5)中介机构应据实出具专项审计报告，发现有弄虚作假等行为的，取消其参与认定工作资格，并在“高新技术企业认定管理工作网”上公告。
申报高新技术企业认定专项审计，需要对事务所进行严格的筛选，不要因为价格低廉或者职业操守等问题严重影响企业申报进进程，更甚者耽误高新申报。
